公開數據分析

有關 SARS-CoV-2 譜系的數據以及從智利序列中獲取樣本的日期是從 Consorcio Genomas CoV2 網站獲得的，網址為： https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global。疫苗接種數據取自科學、技術、知識和創新部的公開數據，網址為： https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 （產品 83）。

傳染性測定

如我們先前所述，製備了攜帶不同 SARS-CoV-2 刺突蛋白的假型病毒¹²。簡而言之，以1:2 摩爾比轉染pNL293-ΔEnv-Luc 和相應的pCDNA-SARS-CoV-4.3 Spike 編碼載體，在HEK2T 細胞中產生基於HIV-1 的SARS-CoV-1假型。編碼密碼子優化刺突的質粒缺乏 C 端最後 19 個胺基酸 (SΔ19)，已知可避免在內質網中滯留¹² 以基因合成或定制定點突變（GeneScript）獲得並包含以下突變：譜系A（參考序列）、譜系B（D614G）、譜系B.1.1.7（Δ69-70、Δ144、N501Y、A570D、 D614G、P681H 、T716I、S982A、D1118H)、譜系P.1 (L18F、T20N、P26S、D138Y、R190S、K417T、E484K、N501Y、D614G、H655Y、T1027IK、N37Y、D75G、H76Y、T246IK、N252I、D452G、H490Y、T614I859K、T3,000I (GΔ1I24I50I80I1I24I2I48I96)、IXNUMXIXNUMXIXNUMXIXNUMXIXNUMXI. 、LXNUMXQ、FXNUMXS、DXNUMXG、TXNUMXN）。每個假型製劑在室溫下以XNUMX rpm 的速度離心澄清，使用HIV-XNUMX Gag pXNUMX Quantikine ELISA 試劑盒（R&D Systems）進行定量，在XNUMX% 胎牛血清（Sigma-Aldrich）中等分並保存在- XNUMX °C 直至使用。使用不同量的假型病毒（根據 HIV-XNUMX pXNUMX 蛋白的水平確定）感染 HEK-ACEXNUMX 細胞，XNUMX 小時後，使用螢光素酶測定試劑 (Promega) 在 Glomax XNUMX 微孔板中測量螢火蟲螢光素酶活性光度計（Promega）。

中和試驗

假型病毒中和測定基本上是按照我們先前的描述進行¹²。簡而言之，在含有1% 胎牛血清的DMEM 中製備血漿樣本的系列稀釋液（4:1 至8748:10），並與每種假型病毒的5 ng p24 在1°C 下孵育37小時，然後，1×10⁴ 將HEK-ACE2細胞加入每個孔中。將與假型病毒（A 系）一起孵育的 HEK293T 細胞（不表達 ACE2）作為陰性對照。 48小時後裂解細胞，並使用螢光素酶測定試劑(Promega)在Glomax 96微孔板發光計(Promega)中測量螢火蟲螢光素酶活性。使用 GraphPad Prism 50 版計算每個稀釋度的中和百分比併計算每個樣品的 ID9.0.1。

統計分析

使用 GraphPad Prism 軟體版本 9.1.2 進行統計分析。使用配對 Wilcoxon 符號排序檢定對一組 SARS-CoV-2 假型病毒的中和抗體滴度 (NAbT) 進行多組比較，以及按性別和吸煙狀態對 NAb 反應進行比較。因子變化計算為 ID 中幾何平均滴度的差異₅₀ 與野生型假型病毒相比。使用 Spearman 檢定進行 NAbT 與年齡或 BMI 之間的相關性分析。採用單因子變異數分析及Tukey多重比較檢定對感染性進行統計分析。 p 值≤0.05 被認為具有統計顯著性。

道德批准

此研究計畫得到了智利大學醫學院倫理委員會（項目編號 0361-2021 和 N° 096-2020）和 Clínica Santa Maria（項目編號 132604-21）的批准。所有捐贈者均簽署知情同意書，其樣本均以匿名方式處理。

Lambda 變異體中的尖峰突變對感染性和中和抗體反應的影響

對 3695 月 24 日存放在 GISAID 的智利 XNUMX 個序列進行的分析^th 2021 年顯示，在最後三個月中，SARS-CoV-2 變異 Gamma 和 Lambda 明顯占主導地位，合計佔所有序列的 79%。

有趣的是，這段時期的特點是大規模的疫苗接種運動，截至 65.6 月 18 日，27% 的目標族群（XNUMX 歲及以上個體）接受了完整的疫苗接種計劃^th 2021

鑑於接受完整方案接種的人中有 78.2% 接種了科興生物的滅活病毒疫苗 CoronaVac，我們試圖研究 Lambda 變體中存在的尖峰突變對該疫苗引發的抗體中和能力的影響。

為此，我們生成了基於HIV-1 的SARS-CoV-2 假型病毒，其攜帶來自Wuu-1 參考譜系（野生型；譜系A）的刺突蛋白、D614G 突變（譜系B）和Alpha（譜系B） .1.1.7)、Gamma（譜系 P.1）和 Lambda（譜系 C.37）變體。

在病毒製備過程中，我們一致觀察到，與D614G 突變體或Alpha 和Gamma 變體相比，感染帶有Lambda 刺突的假型病毒的細胞產生顯著更高的生物發光值，表明由Lambda 刺突蛋白驅動的感染性增加

圖1。由不同刺突蛋白介導的感染性。

(A) SARS-CoV-2 刺突蛋白和本研究中使用的變異體的示意圖。譜系在括號中標明。 RBD，受體結合域，CM；細胞質尾。

(B) 使用等量的 HIV-1 p24 對每個譜系的假型進行滴定。感染後 48 小時，以相對發光單位 (RLU) 的形式測量螢火蟲螢光素酶活性。平均值和標準差是根據代表性的三次重複實驗計算得出的。

接下來，我們使用上述假型病毒對來自智利大學和智利聖地亞哥聖瑪麗亞診所的健康醫護人員的 79 個血漿樣本進行了中和測定。

我們排除了 4 個樣本，因為我們無法計算 ID50 滴度。在分析的樣本中，73% 為女性，中位數年齡 34 歲 (IQR 29 – 43)，最大身體指數 (BMI) 為 25 (IQR 22.7 – 27)。 20.5% 的參與者聲稱在免疫期持續期間是活躍吸菸者。接種第二劑 CoronaVac 疫苗後平均 95 天（IQR 76 – 96）取得樣本

我們觀察到，攜帶野生型刺突蛋白的假型病毒的中和導致 50% 的抑制稀釋（ID₅₀) 平均滴度為191.46 (154.9 – 227.95, 95% CI)，而其平均滴度為153.92 (115.68 – 192.16, 95% CI)、124.73 (86.2 – 163.2, 95% CI)、104.57 (75.02 – 134.11, 95% CI)、78.75 (49.8 – 107.6, 95% CI)、614% CI (XNUMX. XNUMX% CI) ）和XNUMX（XNUMX – XNUMX，XNUMX% CI），對於攜帶DXNUMXG 突變體或Alpha、Gamma 和Lambda 變異體的刺突蛋白的假型病毒，分別為XNUMX（XNUMX – XNUMX，XNUMX% CI ）。

我們也觀察到 ID 的幾何平均滴度₅₀ 對於攜帶Lambda 尖峰的假型病毒，滴度下降了3.05 倍（2.57 – 3.61，95% CI）；對於攜帶Gamma 尖峰的假型病毒，滴度下降了2.33 倍（1.95 – 2.80，95% CI）；對於攜帶Gamma 尖峰的假型病毒，滴度下降了2.03 倍（1.71 – 2.41，95% CI）與野生型尖峰相比，Alpha 尖峰為 1.37（1.20 – 1.55，95% CI）。

在我們的研究群組中，沒有觀察到性別、年齡、身體質量指數（BMI）或吸煙狀態與中和抗體滴度之間的相關性。